Partis en vacances à bord d'un luxueux bateau de croisière, Alvin, Simon, Théodore et les Chipettes n'en font, comme d'habitude, qu'à leur tête, transformant le bateau en leu plaine de jeux personnelle, jusqu'à ce qu'ils ne soient 'naufragés' sur une île déserte. Alors que Dave Seville recherche frénétiquement après ses amis disparus, les 'Munks et les Chipettes' font ce qu'ils font de mieux - chanter, danser et faire des ravages. Mais ils ont droit à une surprise lorsqu'ils s'embarquent sur une île avec leur nouvel ami - un naufragé qui est plus que compatible avec Alvin et les Chipmunks.